Un nouveau regard sur les écosystèmes laitiers et fromagers : adaptation, développement et appropriation des méthodes omiques à des fins d’écologie microbienne (2019-2022)

La gestion des écosystèmes microbiens laitiers et fromagers participe largement à l’élaboration des caractéristiques organoleptiques finales des fromages, produits par les filières fromagères valorisant leur terroir. Avec le développement des outils d’analyse haut débit, de nouvelles méthodes, dites « omiques » (pour métagénomique, transcriptomique, métabolomique…) sont ou vont devenir accessibles. A terme, il sera possible ainsi de décrire l’activité et le rôle des différents micro-organismes et ce, à chaque étape de la fabrication, favorisant un pilotage optimal des communautés microbiennes, de la production du lait jusqu’au fromage affiné.

Conscients de l’enjeu pour l’avenir des produits laitiers de terroir, les responsables professionnels du CNAOL ont mandaté le RMT Filières Fromagères Valorisant leur Terroir pour créer une dynamique de recherche-développement autour de ces méthodes.

Le projet multipartenaire Adamos vise à apporter aux filières fromagères de terroir un nouveau regard sur les écosystèmes microbiens des laits et des fromages, en leur rendant accessibles de nouvelles méthodes d’analyse du matériel génétique reposant sur le séquençage haut débit de fragments d’ADN et sur le séquençage de l’ARNm. Ces méthodes sont développées et testées afin de répondre aux questionnements des filières sur les écosystèmes microbiens des laits et des fromages.

g

Dès le démarrage du projet, les partenaires se sont mobilisés afin de faciliter l’appropriation des méthodes omiques par les filières, via des actions de sensibilisation basées sur des travaux existants.

Le colloque « Métagénomique et fromages de terroirs : quel nouveau regard sur la microflore ? » a ainsi rassemblé plus de 40 participants le 21 janvier 2020, à la Maison du Lait (Paris). Il a permis de présenter, au travers de plusieurs ateliers, de présentations et de posters, le principe des outils de métagénomique et les derniers résultats obtenus sur les écosystèmes microbiens des fromages. Les présentations sont disponibles en ligne.

Une démarche d’harmonisation des protocoles et de structuration des compétences et des ressources nationales et locales a également été lancée en parallèle des essais.

Dans trois régions, des démarches méthodologiques sont testées, en s’appuyant sur les outils de métagénomique pour répondre aux questionnements de filières fromagères :

G

De nouvelles méthodes s’appuyant sur l’analyse de l’ARNm (métatranscriptomique) seront développées et testées en conditions réelles.

Tout au long du projet, des actions seront menées afin de valoriser les résultats et d’assurer le transfert des démarches, notamment en les diffusant auprès des filières, de la formation et de l’enseignement.

g

g

Un outil numérique d’autoformation a été créé pour les filières fromagères, sur la thématique des microbiotes (de la prairie au fromage) et des méthodes omiques.  Il a pour objectif de faciliter l’utilisation des méthodes omiques par les filières, de les sensibiliser aux enjeux des écosystèmes microbiens et d’accompagner l’autoformation des acteurs (filières, conseillers, étudiants…) sur ces thématiques. Il sera librement accessible sur le site du RMT.

L’outil est divisé en plusieurs parties, selon les objectifs des utilisateurs : s’informer sur les méthodes omiques, s’informer sur les écosystèmes microbiens, se former à l’application des méthodes omiques (mise en place d’un essai) et se former à l’interprétation des graphiques.

Une première version a été créé en 2021 dans le cadre du projet Adamos, avec l’appui du RMT Fromages de terroir. Tous les volets ne pouvaient pas être construits et certains sujets ont été priorisés, mais la structure de l’outil se veut la plus complète possible pour que des ajouts puissent être faits au fil du temps. L’outil se veut pédagogique et interactif, avec différents niveaux de lecture (informations de base, possibilité d’accéder à des ressources détaillées, à des modèles de documents…). Tout retour sur cet outil sera le bienvenu (cf. contact en bas de page).

Retour sur le séminaire final du projet ADAMOS

Présentations de la journée : 

Introduction de la journée

Introduction aux écosystèmes microbiens

Présentation des méthodes (méta)omiques

Le projet Adamos

Les cas terrains : Bleu d’Auvergne, Comté, Beaufort, (les présentations des terrains Tome des Bauges et Tomme de Savoie seront mises en ligne cet été)

Les ressources à la disposition des filières

Les livrables du projet

Blandine Polturat, CERAQ : blandine.polturat@ceraq.fr

Dernière mise à jour : septembre 2023